Gli eventi del gioco si svolgeranno dieci anni prima degli eventi narrati nel primo capitolo di Kingdom Hearts incentrando la trama sui precedenti custodi del keyblade. Lo svolgimento della storia sembra incentrato sulla ricerca, da parte di tre giovani apprendisti-custodi del Keyblade del loro maestro, il Custode del Keyblade Xehanort, e un altro apprendista. La loro scomparsa sembra preannunciare una grande sventura. Il gioco si svolgerà tra vecchi e nuovi scenari Disney, mettendo in risalto le varie differenze temporali tra questo capitolo e i precedenti della saga (ad esempio nel mondo del Colosseo si incontrerà un Hercules più giovane).
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